Cao Câu Ly tiếp tục cuộc chiến chống lại Tân La ở miền nam và tiến hành liên minh với Bách Tế. Tân La càng bị cô lập hơn nữa khi Cao Câu Ly phục hồi quan hệ với Nụy tại Nhật Bản. Năm 642, Tân La cử Kim Xuân Thu đến để thương lượng một hiệp ước, song khi Uyên Cái Tổ Văn yêu cầu trao trả lại khu vực Seoul ngày nay thì cuộc đàm phán bị đổ vỡ, dẫn đến việc Tân La liên minh với Đường.

Năm 645, Đường Thái Tông đã dẫn một đội quân lớn tấn công Cao Câu Ly bằng cả đường bộ lẫn đường thủy, song Uyên Cái Tổ Văn và Dương Vạn Xuân (Yang Manchun) đã đẩy lui được cuộc xâm lược, cũng như cuộc tấn công nhỏ hơn sau này của Đường. Năm 654, Cao Câu Ly tấn công Khiết Đan, những người đã liên minh với Đường. Năm 655, Cao Câu Ly và Bách Tế tấn công Tân La.

Vương quốc Bách Tế cuối cùng thất thủ trước liên quân Tân La-Đường vào năm 660. Uyen Cái Tổ Văn đã đánh bại một cuộc xâm lược lớn tại Bình Nhưỡng năm 661 và tại sông Tát Thủy năm 662, song Tân La và Đường nay có thể tự do tập trung và tăng cường các cuộc tấn công của họ chống lại Cao Câu Ly. Năm 663, phong trào phục quốc Bách Tế chấm dứt và lãnh đạo của nó là Phù Dư Phong (Buyeo Pung) đào thoát đến Cao Câu Ly.

Sau cái chết của Uyên Cái Tổ Văn năm 666, Bảo Tạng Vương đã không thể giành được quyền kiểm soát trên toàn đất nước, mà thay vào đó là sự tàn phá bởi một cuộc tranh giành kế vị giữa các con trai của Uyên.